Nous somme dans les années cinquante, au large de Boston, sur un îlot nommé Shutter Island se dresse un groupe de bâtiments a l'allure sinistre, tous gravement atteints, ont commis des meurtres.

Lorsque le ferry assurant la liaison avec le continenent aborde ce jour-là, deux hommes en descendent: le marshal Teddy Daniels et son coéquipier Chuck Aule.

Ils sont venus à la demande des autorités de la prison-hôpital car l'une des patiente, Rachel Solando, manque a l'appel.

Comment a-t-elle pu sortir d'une cellule fermée a clé de l'extérieur? Le seul indice retrouvé dans la pièce est une feuille de papier sur laquelle ont peut lire une suite de chiffres et de lettres sans signification apparente oeuvre incohérente d'une malade ou cryptogramme?  Au fur et a mesure que le temps passe les deux policiers s'enfoncent dans un monde de plus en plus opaque et angoissant, jusqu'au choc final de la vérité.